继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时觉察错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的中央”搜集需求的资料GQCYY高清迅雷下载本季开展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人结合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但往年却出现了她的孩子——艾蜜莉。往年制造小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外往年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，参与了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越清楚，穆德再一次接近理想的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出严重考验。该季完毕于吸烟人烧毁了一切X档案卷宗。
