在人类不知也无法到达的地方存在着一个妖怪世界在朋友的保护和照顾下，鬼太郎在那个神秘的妖怪世界里开心快乐、自由自在的生活着。突然有一天，鬼太郎接到了妖怪信使带来的一封信，向他求助的是一个叫做三浦健太的小学生。健太和高中生姐姐实花和他们的父亲晴彦生活在一起。他们居住的小区为了修建主题公园，正在拆毁稻荷神社，而从动工的那天开始，每天都会出现许多形状怪异的妖怪，居住在那个小区的居民都陷入了恐慌和慌乱中。于此同时，妖怪世界里也发生了很严重的事情：被封印在秘密地方的“妖怪石”突然不见了。封印在妖怪石里的是人类的邪念和咒怨，而这块妖怪石更是在织田信长、天草四郎等撼动历史的关键时刻起到了重要的作用。如果可以合理的运用这块石头，得到它的妖怪将获得巨大的能量，所以一旦被心术不正抑或心存歹意的妖怪得到的话，后果将不堪设想。
